Maqedonia Veriore ka një klimë unike të shpjeguar me vendndodhjen dhe topografinë e saj. Klima e fushave është një klimë mesdhetare e kombinuar me ndikimin e Detit të Zi. Vendi ka gjithashtu karakteristika kontinentale, të cilat janë theksuar nga malet në jug të cilat parandalojnë lëvizjen e ajrit të nxehtë nga jugu në veri. . Në të kundërt, Malet Sharr, të cilat ndodhen në pjesën veriperëndimore, bllokojnë erërat e ftohta veriore. Në tërësi, pjesët veriore dhe perëndimore të vendit janë relativisht afër një klime kontinentale dhe jugore dhe lindore me një klimë mesdhetare.
Maqedonia e Veriut ka katër sezone, por gjatësia e sezoneve ndryshon në bazë të gjeografisë. Pranvera është shpesh shumë e shkurtër. Verërat e verës janë subtropikale dhe nuk është e pazakontë të shihen temperatura mbi 40 ° C gjatë këtij sezoni, veçanërisht në rrafshnaltat përgjatë luginës së lumit Vardar. Dimrat, edhe pse të moderuar, mund të jenë mjaft të ftohtë. Reshjet e borës gjatë dimrit janë të zakonshme dhe herë pas here të mëdha. Temperatura mesatare vjetore e ajrit është 11.5 ° C, por fushat pësojnë temperatura më të larta, 15°C. Muaji më i ngrohtë është korriku, i cili ka një temperaturë mesatare prej 22.2°C dhe më i ftohti është janari, me një temperaturë prej 0.3°C. Temperaturat maksimale dhe minimale të regjistruara në Maqedoninë e Veriut deri më tani janë 45.7°C dhe -31.5°C.
Reshjet e shiut janë të bollshme në pjesët perëndimore dhe lindore të vendit, por temperatura ulet ndjeshëm në rajonin e Vardarit. Ky rajon sheh dimra më të ngrohtë përmes erës së Vardarecit. Kjo erë del nga goja e lumit Vardar dhe sjell ajër të ngrohtë. Shkupi, i konsideruar një qytet me shtresa të ulët, ka mesatarisht 64 ditë me shi në vit. Muaji Tetor është më i lagështi me 61 mm; më e thata është gushti me 28 mm. Shirat janë më të zakonshëm në pranverë dhe në vjeshtë.